二世帯住宅の絡む家族間トラブルというのは、実はめちゃめちゃ多いものです。常に数件は手持ちがあります。
当たり前ですが、皆さん、二世帯住宅を建てるときは、親子で楽しく仲良く生活できると確信しているのです。ところが、これがうまくいかなくなると、その反動で、憎しみはとても強くなります。

親の名義の土地に、子が二世帯住宅を建てる。というのがよくある話で、この親子が実親子関係ならまだいいのですが、
①親名義の土地に、娘の旦那がローンを組る。となると、これはトラブルになりがちです。
また、
②親名義の土地を、息子が譲り受ける代わりに、二世帯住宅を建て、自分の家族と親と同居する。
というパターンで、嫁さんと親が仲が悪くなると、これはまたトラブルになります。
さらに、
③親名義の土地に、娘の旦那が家を建てたのだが、その費用を親が立て替えている。
となると、これも、大変なトラブルのもとです。

なので、二世帯住宅を建てることは、基本的にはお勧めできることではありません。
ただ、どうしても建てるときには、基本的に、
・ローンを組まない（組んでしまうと、いざ、親子間の仲が悪くなったときに、逃げられません）。
・金を借りない（借りてしまうと、もめごとの種がさらに増えます）

ことをお勧めします。
親としては、子どもと一緒に住みたいし、子どもとしても、親の土地に家を建てられるのは、便利なことです。

ただ、便利さには、当然ながら、それに伴うリスクもあります。

十分気を付けていただきたいと思います。